Episod II: Klonerna anfaller innehåller mycket mer action än vad som var möjligt att skapa i de tre första filmerna och med 70-talets filmeffekter vilket märktes då filmen innehöll mycket digitaliserade scener och effekter vilket gjorde det möjligt att skapa intensivare lasersvärdsdueller och andra actionscener.
Episod II släpptes 2002 och man tjänade omkring 300 miljoner dollar, vilket var en succé, fast det inte var i närheten av den summa som man hade fått in på den föregående filmen.
DVD-utgåvan i Sverige är omkring 137 minuter, några minuter kortare än den amerikanska versionen.


Episod II: Klonerna anfaller utspelar sig år 22 BBY, alltså ett årtionde efter Handelsfederationens blockad mot Naboo.
Senaten är drabbad av korruption och senatorerna stoppar undan allt mer pengar för sig själva. Samtidigt så lämnar jedimästaren Dooku helt plötsligt Jediordern av okända orsaker. I hemlighet så bygger han upp en separatiströrelse som begrundar sig på stora kommersiella förbund såsom Handelsfederationen.
Man blir orolig för att denna rörelse kan hota freden i Republiken, och i senaten diskuterar man om en möjlig upprustning av militären då det finns allt för få jediriddare för att bevara freden.

Padmé Amidala, numera senator för Naboo och dess sektor, åker till Coruscant för att rösta emot detta förslag men utsätts för ett mordförsök då hennes skepp sprängs och hennes dubbelgångare dör.
Trots att jediriddaren Obi-Wan Kenobi och hans padawanlärling Anakin Skywalker får i uppgift att skydda henne utsätts hon för ytterligare mordattentat men denna gången lyckas jediriddarna avslöja vem som hela tiden utsätter Padmé för detta. Anakin får tag på prisjägaren Zam Wessel som just ska berätta mer om sin uppdragsgivare när hon dödas av en giftpil i halsen.
Flyende från platsen åker en annan mystisk figur i jetpack och mandaloriansk rustning.
Som följd av attentaten får Obi-Wan i uppgift av Jedirådet av finna Zam Wessels mördare medan Anakin får eskortera Padmé tillbaka till Naboo.
Efter en lång undersökning så leds Obi-Wan till planeten Kamino där han upptäcker att någon har beställt en armé av kloner åt Republiken för tio år sedan av en jedi vid namn Sifo-Dyas, men Obi-Wan vet med säkerhet att denne Sifo-Dyas dog innan dess.
Han får också veta att prisjägaren Jango Fett var den person som klonerna baserades på, och Obi-Wan märker att det var denne prisjägare som dödade Zam Wessel på Coruscant. Efter att ha misslyckats att fånga in honom så spårar han honom till planeten Geonosis.

Väl på Kamino hör Obi-Wan ett samtal mellan greve Dooku och ledarna för galaxens större kommersiella förbund och får reda på att de ligger bakom separatiströrelsen, och att Nute Gunray, Handelsfederationens vicekung, ligger bakom mordförsöken på senator Padmé Amidala.
Jedirådet får ett meddelande angående detta av honom, men Obi-Wan blir upptäckt innan han hinner avsluta sin rapport.
Under tiden är Anakin förargad över att Padmé inte lyssnar på hans kärlek för henne, och det blir inte bättre av att han känner att hans mamma är i fara. Han bestämmer sig för att ta med Padmé tillbaka till Tatooine för att söka efter sin mamma där, och väl där får han reda på att hans mamma inte längre är någon slav. Men hon är bortrövad av sandfolk som finns på Tatooine.

Anakin åker genom natten för att söka efter henne, och finner sin mamma slagen i ett av sandfolkets läger. Eventuellt dör hon, och Anakin får ett vredesutbrott vilket resulterar i att han dödar alla i lägret. Dagen efter så får de meddelandet om att Obi-Wan hålls fången på Geonosis och bestämmer sig för att rädda honom. Samtidigt så åker jedimästare Windu med en grupp jediriddare också till Geonosis med samma syfte.

Tillsammans med C-3PO och R2 så hamnar Anakin och Padmé mitt i en av de droidfabriker som finns på Geonosis. Fullt av battle droids tillverkas allteftersom att separatisterna bygger upp sina arméer. Geonosianska vakter beskjuter dem, men Anakin och Padmé klarar sig till slut med livet i behåll. Men omringade av flera destroyer droids ledda av Jango Fett så kan de inte göra mycket.
De blir tillfångatagna och förs tillsammans med Obi-Wan ut på en arena för att avrättas inför tusentals invånare på planeten. Likaså står bl a greve Dooku och Nute Gunray och ser på när man släpper ut en nexu, en acklay och en reek; exotiska djur från andra planeter som är utsvultna och naturligt farliga. Men Padmé, Anakin och Obi-Wan klarar sig bra mot dem. Det dröjer inte länge förrän Nute Gunray inte orkar vänta på att se Padmé dö som hämnd för sin förlust på Naboo tio år tidigare. Dooku försäkrar honom om att Padmé kommer att dö just som Mace Windu dyker upp med en massa andra jediriddare. Men battle droids strömmar in på arenan och kaos bryter ut.

Åskådarna flyger iväg och eldstrid bryter omedelbart ut. Jediriddarna är underlägsna, trots sina skickligheter i Kraften men Dooku ger dem en chans att ge upp som Windu omedelbart vägrar acceptera. Allt verkar vara över då skepp dyker upp ovanför arenan. Skeppen tillhör knappast separatisterna, utan jedimästare Yoda har istället varit på Kamino och hämtat Republikens klonarmé för att anfalla droidfabrikerna på Geonosis och hjälpa Windu och hans män. Slaget om Geonosis har börjat.

Jediriddarna transporteras bort från arenan och får leda varsina grupper klonsoldater mot robottrupperna på Geonosis slätter. Under tiden ger genosiernas ledare, Poggle the Lesser, bort planer för ett kommande supervapen till Dooku, som flyr med planerna till en hemlig hangar.
Under tiden som striderna fortsätter i full skala då tusentals battle droids möter den nya klonarmén och separatistskepp möter Republikens kryssare i en rymdstrid ovanför planeten så följer Anakin, Obi-Wan och Padmé efter Dooku i ett hopp om att fånga honom och få slut på konflikten som nu har eskalerat ännu mer
Deras skepp blir dock träffat och Padmé faller ur och landar på den sandiga marken nedanför. Anakin vill vända om, men Obi-Wan får honom att inse att deras uppdrag är viktigare än personliga känslor.

Väl framme vid hangaren finns ingen återvändo. Deras skepp skjuts ner, och de två måste nu möta Dooku utan eldunderstöd eller annan hjälp.
Greve Dooku gör inte någon stor sak av saken och besegrar båda två relativt enkelt. Just som han tänker gå så kommer dock ännu en person in i hangaren: jedimästaren Yoda.
Yoda visar sig vara svårare än Dooku trodde, både i duell med lasersvärd och tekniker med Kraften. I ett försök att komma därifrån använder greve Dooku Kraften för att få en tung cylinder att välta över Obi-Wan och Anakin.
För att inte låta dem dö så använder Yoda Kraften för att få cylindern att stanna i luften ovanför de två skadade jediriddarna. Under tiden så har Dooku hunnit fly i sitt skepp som väntade i hangaren. Han åker till Coruscant och meddelar sin mästare om att han hade goda nyheter: Kriget har börjat.

Genast förbereder sig senaten, och hela Republiken, sig på det som väntar. Klonsoldater marscherar in i attackkryssare i väntan på att transporteras till planeter kontrollerade av separatisterna samtidigt som Anakin och Padmé gifter sig på Naboo.